Hola lince,
Lo que te pasa es un probléma típico en redes, recibes valores en un momento específico que no son representativos para el estado de la máquina. Es como cuando haces un ping y observas como algún que otro paquete se extravía, es tolerable pero no se podría decir que has perdido contacto con la máquina.
Para subsanar estos valores, la configuración de los módulos de Pandora FMS tiene un parámetro llamado Flip Flop Threshold o FF Threshold. Básicamente lo que hace este parámetro es indicar cuantos valores seguidos debe recibir el módulo para que se considere negativo. Mejor explicado lo tienes en la documentación:
http://www.openideas.info/wiki/index.php?title=Pandora_3.0:Documentation_es:Operacion#FF_ThresholdEspero que te sirva, un saludo