La mejor manera es usar scripts vbs y para meterlos en el agente usa algo cómo esto:
module_begin
module_name VBS - mi script
module_type generic_data_string
module_exec cscript "mi script.vbs"
module_description Mi script vbs hace esto.
module_end
tienes más ejemplos aqui:
http://pandorafms.org/index.php?sec=community&sec2=repository&lng=es